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Conseils : l’indemnisation des congés non pris est un terrain de contentieux croissant. Pour sécuriser vos pratiques, voici la marche à suivre :
1. Anticipez la fin de la relation de travail. Lorsqu’un agent quitte définitivement la collectivité (retraite, démission, fin de contrat, fin de détachement) après un long congé maladie :
• Identifiez les congés non pris sur les années précédentes.
• Appliquez strictement la limite des 20 jours par an (4 semaines prévues par le droit européen) et non les 25 jours ou plus prévus par les règlements intérieurs.
2. Ne faites pas d’économie sur le calcul. C’est l’erreur la plus fréquente. L’indemnité doit être égale à la rémunération que l’agent aurait perçue s’il avait travaillé. Règle d’or : Si l’agent est à demi-traitement au moment de sa sortie, vous devez tout de même recalculer l’indemnité sur la base d’un 100% (plein traitement). L’état de santé de l’agent ne doit pas réduire la valeur financière de ses congés acquis.
3. Respectez le délai de 15 mois. Ne remontez pas indéfiniment dans le temps. Un agent ne peut prétendre au paiement que des congés dont la période de report (15 mois après l’année d’acquisition) n’est pas expirée.
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Hugues Farnoux le 12 mars 2026 - n°574 de La Lettre des Finances Locales